Natural de Ejea de los Caballeros, Alberto Zapater empezó su carrera futbolística en el equipo de su pueblo, la Sociedad Deportiva Ejea. Tras ser nombrado Mejor juvenil de Fútbol de Aragón en el verano de 2004 después de completar un año excelente en el División de Honor Juvenil, Víctor Muñoz decidió contar con él en la pretemporada del primer equipo. El ejeano cumplió todas sus expectativas, ya que el 21 de agosto de 2004 debutaba de la mano del entrenador zaragozano como titular en la ida de la Supercopa de España contra el Valencia CF. Aquel fue el último título logrado por el Real Zaragoza.
Ya asentado en el primer equipo, Alberto tuvo la suerte de poder disputar la Copa de la UEFA o una final de Copa del Rey con el Real Zaragoza. Paulatinamente, fue cogiendo galones y ganándose a la afición, y gracias a ello fue nombrado segundo capitán del equipo en la temporada 2007/2008. Sin embargo, la retirada de Luis Carlos Cuartero en la siguiente temporada propició que Alberto Zapater se convirtiese en el primer capitán del equipo de su vida.
Tras 5 temporadas en las que se convirtió en uno de los futbolistas más importantes del equipo gracias a su calidad, brega, zaragocismo y compromiso, en el verano de 2009 fue traspasado al Genoa por unos 4 millones de euros. En ese momento comenzaba una aventura en el extranjero que duraría siete temporadas. Siete años separado del Real Zaragoza.
En el equipo italiano tuvo un gran comienzo, con gol y asistencia incluidos ante la Roma. Tras aquella temporada, el 5 de agosto de 2010 se marchó al Sporting de Lisboa, equipo con el que debutaría en la Liga de Campeones. Tras su estancia en el país luso, el 3 de agosto de 2011 fichó por el Lokomotiv de Moscú, con el que firmaría un contrato de cinco temporadas. Pero en Rusia las cosas empezaron a torcerse. Su primera temporada fue buena, pero a partir de la segunda comenzó a vivir un auténtico calvario de problemas físicos, sobre todo en el pubis y en la espalda.
Mucho sufrimiento
Sin embargo, Alberto Zapater no se rindió. Tras estar prácticamente tres años en el dique seco, el 19 de junio de 2016 regresaba a sus orígenes para firmar de nuevo por el Real Zaragoza. Desde entonces, ha sido un futbolista importante en las siete temporadas de esta segunda etapa como zaragocista. Por ejemplo, en su primera temporada disputó las 42 jornadas de liga. Pero no hace falta remontarse tanto. En este curso ha sido el tercer centrocampista con más minutos de la plantilla, sumando 1351 en 29 partidos. Y todo ello a punto de cumplir 38 años.
Ahora, con 12 temporadas y 422 partidos a sus espaldas si tiene minutos el próximo viernes ante el CD Tenerife, deja la camiseta del Real Zaragoza el tercer jugador con más partidos del club, una auténtica leyenda difícil de olvidar para el zaragocismo.